重庆医科大学研究生教育始于1979年，是全国最早开展研究生教育的单位之一。1981年，学校成为国务院学位委员会批准的首批博士学位授予单位。历经七十余载薪火相传，学校已构建起完整的“学士－硕士－博士－博士后”高层次人才培养体系。建立了以医学为特色，覆盖理学、工学、法学、管理学、经济学等相关门类的学位授权体系。现有8个一级学科博士学位授权点、11个一级学科硕士学位授权点，3个博士专业学位授权点、10个硕士专业学位授权点。

重庆医科大学研究生院成立于1979年，前身为研究生处（1979年—2005年）和研究生学院（2005年—2012年）。研究生院是学校组织实施学位管理与研究生教育工作的职能部门，通过两级管理体制对校内各研究生培养单位的学位点建设工作，研究生思想政治教育、日常管理、招生、培养、学位授予等工作进行业务指导、协调服务、监管评估。现设置办公室、研究生招生办公室、培养管理科、学生工作办公室、学位办公室5个职能科室。

学校研究生教育规模稳步增长，目前在校研究生总数达13900余人，其中学历教育研究生9400余人，同等学力研究生4500余人。学校目前共有29个招生单位，150余名专职管理服务人员致力于为研究生提供全方位、高质量的教育管理与服务保障。

学校学科实力强劲，拥有国家级重点学科4个，重庆市一流学科2个，重庆市“十四五”市级重点学科16个，11个学科进入ESI全球前1%。建有国家级、省部级科研平台91个，其中国家级科研平台7个，教育部重点实验室、国际合作联合实验室等国家部委级科研平台8个，为研究生开展前沿科学研究提供了坚实支撑。

学校拥有一支德才兼备的高水平导师队伍。现有博士生导师538人，硕士生导师1694人，高级职称专业技术人员占比达67.7%。导师队伍中汇聚了中国科学院院士1人，拥有国家级人才83人次，中年领军人才53人次，青年拔尖人才30人次，省部级各类人才1470余人次。学校还拥有全国高校黄大年式教师团队、全国教育系统先进集体等卓越师资，入选国家杰出医师3人、国家优秀青年医师2人，为学生提供学术指导。

学校依托15所附属医院，拥有国家临床研究中心和国家区域医疗中心各1个；获批1个国家临床教学培训示范中心、3个国家级实验教学示范中心、1个国家虚拟仿真实验教学中心，为学生提供丰富的临床资源与高标准的教学平台。其中，临床技能实验教学中心获评教育部国家级实验教学示范中心建设典型案例。

学校注重研究生创新精神与实践能力培养，近年来，研究生在国家级临床技能类竞赛及创新创业大赛中屡创佳绩，“十四五”以来在全国大学生创新创业类大赛国赛中获奖26项。同时，学校坚持立德树人，博士生医疗服务团获评“全国岗位学雷锋标兵集体”，充分展现重医学子扎根中国大地、服务人民健康的责任与担当。